Cảnh quan của Công viên Quốc gia Magurski là điển hình của sườn núi Beskid Niski và bao gồm chủ yếu là các đỉnh núi thấp và trung bình có rừng rậm. Trong số những sự kì lạ về địa chất, quan trọng nhất là Diabli Kamień ("Đá của quỷ") và khu bảo tồn Kornuty. Phần chính của công viên bao gồm khối núi Magura Wątkowska, với đỉnh Wątkowa cao nhất của nó ở 847m trên mực nước biển. Những ngọn đồi quan trọng khác là Magura (842 m), Wielka Góra (719 m) và Nad Tysowym (713 m).

Sông Wisłoka và các nhánh của nó là một trong những yếu tố quan trọng nhất của công viên. Wisłoka là một dòng sông núi điển hình, tạo ra những khe núi đẹp như tranh vẽ và thường xuyên thay đổi hướng đi của nó.